Sidi Youssef ben Ali c’est Abou Yaakoub Youssef ben Ali, d’origine yéménite, fut le brillant élève du Cheikh Abou Asfour. Atteint de la lèpre, il passa sa vie dans la léproserie située à Bab Aghmat. Bien qu’atteint de cette terrible maladie, il garda jusqu’à sa mort en 1196 une foi inébranlable. Il s’est vu consacrer un édifice pour lui seul: la mosquée Ben Youssef. À l’origine almoravide, elle fut le sanctuaire central de la médina pendant plus de 4 siècles, jusqu’à la création de la mosquée Mawâssîne. Elle a été restaurée et modifiée au XVIème siècle, puis au début du XIXème siècle.
Sidi Youssef Ben Ali mourut en 1196 (593 de l'hégire). Son mausolée fut édifié par le sultan saadien Moulay Abdallah. La zaouïa se situe face à Bab Aghmat. On l'appelait Sidi Youssef l'éprouvé en raison des souffrances qu’il avait subies.